При работе с ЕГАИС сопоставление справочников происходит после сохранения накладной в Store House в приложении Sh4Decl.exe.
Т.е. наполнение базы Store House сопоставлениями кодов ЕГАИС будет происходить по мере введения накладных из базы ЕГАИС в базу Store House.
Начиная с версии Sh4Decl.exe 4.70.101 сопоставление справочников «товары» и «корреспонденты» возможно до получения документов из ЕГАИС (см.подробнее).