Если документооборот в базе Store House ведется давно, и происходит подключение чистой базы 1C, то для формирования входящих остатков воспользуйтесь пунктом Начальная загрузка остатков товаров из Store House в 1С пункта выгрузки Дополнительно.
Данный функционал доступен только при работе выгрузки по номенклатуре.