При сопоставлении справочника Склады тип склада в 1С не важен, т.е. может быть, как Оптовый, так и Розничный.
В некоторых версиях 1С (редакция 3.0.36.11) использование розничного склада может приводить к обнулению цен в документе Оприходование товаров.