Флаг Загружать входящие СФ позволит загрузить из Store House в 1С входящие счета-фактуры.

Флаг Загружать исходящие СФ позволит загрузить из Store House в 1С исходящие счета-фактуры.

Для авансовых платежей счета-фактуры не выгружаются.