Так как выгрузка происходит из одной базы Store House, то код базы в Store House будет единственный. И единственный метод разграничения выгрузки между организациями 1С – это склады Store House.
Важно помнить, что фильтры по складам не сохраняются. И перед выгрузкой документов из Store House в 1С необходимо выставлять фильтры по складам для каждой организации!