Так как выгрузка происходит из одной базы r_k StoreHouse Pro, то код базы в r_k StoreHouse Pro будет единственный. И единственный метод разграничения выгрузки между организациями 1С – это склады r_k StoreHouse Pro.
Важно помнить, что фильтры по складам не сохраняются. И перед выгрузкой документов из r_k StoreHouse Pro в 1С необходимо выставлять фильтры по складам для каждой организации!