Фильтр по складам разделен на две части. Верхняя часть «Склады» - в данной части отображаются подразделения r_k StoreHouse Pro, соответствующие выбранной в настройках организации r_k StoreHouse Pro. В нижней части «Предприятие» - отображены все предприятия r_k StoreHouse Pro. Предприятия, соответствующие выбранной в настройках организации, выделены жирным шрифтом.
Выставьте флаг «Использовать фильтр по складам», если из r_k StoreHouse Pro в 1С необходимо выгружать документы по определенным подразделениям (складам).
Список подразделений из r_k StoreHouse Pro подгружается в момент открытия файла выгрузки.Если во время работы с файлом выгрузки в r_k SH Pro было заведено новое подразделение, для появления его в «Фильтре по складам» нажмите на кнопку «Обновить список складов» 
.После выставления флага «Использовать фильтр по складам» сами склады станут доступны для фильтрации списка документов.
Выставьте флаги у тех подразделений, по которым выводить список документов для загрузки. В список попадут только те документы, у которых выделенное подразделение (подразделения) указано в качестве поставщика или получателя.
Если для выгрузки из r_k StoreHouse Pro в 1С необходимо выбрать подразделения одного предприятия, выставьте флаг в нижней части напротив нужного предприятия, склады будут определены автоматически.
Если флаг «Использовать фильтр по складам» не выставлен, то при загрузке будет выведен список всех накладных, доступных пользователю в r_k StoreHouse Pro.
Фильтры по складам не сохраняются при закрытии формы или сохранении настроек. Т.е. флаги по складам необходимо проставлять непосредственно перед формированием списка документов для загрузки.