Стоимость товара в его карточке влияет только на продажную цену на кассовом терминале.

Себестоимость определяется лишь приходными документами. 

Если в отчетах себестоимость равна нулю, то данная ситуация могла возникнуть в следующих случаях:

    1. Товар не был оприходован в системе или был принят с нулевой ценой.
      Решение: создайте документ Поступление, если его не было в системе. Или укажите цену за единицу товара в существующем документе.
      Подробнее о создании и редактировании документа читайте в статье Поступления.
    2. Проверьте, что документ Поступление находится в статусе Активен