Загрузка справочников происходит в процессе загрузки документов.
Сопоставление справочников происходит по RID StoreHouse Pro, который при загрузке справочника прописывается в дополнительные сведения для справочников 1С.
Загрузка справочников (контрагентов/номенклатуры) в стандартном режиме работы происходит в процессе загрузки документов.
При первом запуске приложения удобно справочники сопоставить/загрузить перед началом загрузки документов.

Сопоставление/загрузка номенклатуры при выгрузке по ставкам НДС происходит только при выгрузке документов.