Для корректного формирования автоматических проводок документов 1С необходимо, чтобы в базе 1С были созданы счета учета номенклатуры и счета расчетов с контрагентами.

Именно настройками 1С определяются проводки документов, выгруженных из StoreHouse Pro.
Заполните справочники Операции – Регистры сведений – Счета учета номенклатуры и Счета учета расчетов с контрагентами.