Для одной организации может быть создано несколько настроек, например, если необходимо выгружать отдельно документы разных подразделений.
Если в 1С выгружаются документы нескольких организаций, то для каждой организации необходимо создавать отдельную настройку, чтобы избежать «перезатирания» данных.