Скидка/наценка «на платеж» автоматически добавляется при оплате чека валютой, для которой она назначена.
Если валютой со скидкой необходимо оплатить сумму только по одному месту, то необходимо использовать расчет по местам. В данном случае отработает только скидка с областью применения "на место".