Для того чтобы после загрузки данных из Store House V4 в 1С в документах двух программ был одинаковый метод расчета себестоимости, необходимо установить учетную политику в 1С ФИФО.
Для этого в программе 1С выбираем пункт меню «Справочники и настройки учета» → «Учетная политика», выбираем организацию в поле «Организация», далее открываем учетную политику и в пункте «Запасы» выбираем ФИФО.
Либо с версии 8.3 редакция 3.0 «Главное» - «Учетная политика»